Výběr materiálu pro muflovou pec přímo souvisí s její vysokou teplotní odolností, mechanickou pevností, chemickou stabilitou a tepelnou účinností. Tradiční muflové pece většinou používají ke stavbě pece a tělesa pece materiály odolné vůči vysokým teplotám, jako jsou žáruvzdorné cihly a karbid křemíku, ačkoli tyto materiály mají dobrou odolnost vůči vysokým teplotám, ale existují omezení v mechanické pevnosti, stabilitě vůči teplotním šokům a odolnosti vůči chemickému napadení. . Proto je při návrhu nové muflové pece zvláště důležitý výběr materiálů.
V posledních letech s neustálým vývojem vysokoteplotních konstrukčních materiálů a kompozitních materiálů byla do výroby muflových pecí zavedena řada vysoce výkonných materiálů. Například vysokoteplotní slitiny, keramické kompozity a speciální skla mají nejen vynikající odolnost vůči vysokým teplotám, ale také vynikající mechanickou pevnost, odolnost proti tepelným šokům a chemickou stabilitu. Aplikace nově vznikajících materiálů, jako jsou nanomateriály a technologie povlakování, navíc přináší také nové možnosti pro zlepšení výkonu muflových pecí.